南京工程学院不叫大学主要有以下原因：
学科建设方面：
硕士点数量不足：大学的设置标准中对硕士学位授权点有一定要求，一般至少应具有 10 个硕士点，并且有 5 届以上硕士毕业生等，而南京工程学院 2021 年才获批硕士学位授予单位，目前有 3 个专业硕士学位授权点，距离标准要求还有差距.
学科门类不够丰富：综合性大学需要涵盖多个学科门类，并且有一定数量的优势学科和特色学科。南京工程学院虽已涵盖工学、经济学、管理学、文学、法学、艺术学等学科，但在理学等基础学科的发展上相对薄弱，学科门类的丰富度和综合度有待提升.
师资队伍方面：虽然南京工程学院拥有一支以教授、副教授为主的高水平师资队伍，具有博士学位专任教师占比近 50%，具有高级职称专业教师占比 53%，并且有省级及以上高层次人才 260 人次等，但与一些成熟大学相比，在师资队伍的规模、结构以及高层次人才的数量和影响力等方面，仍存在一定的提升空间，比如在院士、长江学者等顶尖人才的数量上相对较少.
科研水平方面：学校在电力、机械、能源等领域取得了显著科研成果，建有多个国家级和省级的研究中心，但从整体科研水平来看，与高水平大学相比，在承担国家级重大科研项目、科研经费总量、科研成果的转化及影响力等方面，还需要进一步加强，以提升学校的科研综合实力和学术声誉.
办学规模方面：大学通常在学生数量、校园占地面积、教学设施等方面有较大的规模。南京工程学院全日制在校生 2.6 万余名，占地近 3000 亩，在办学规模上相对一些大型综合性大学较小，在教学资源的丰富度和多样性等方面也有待进一步扩充和完善.